Batory rozwiązał konflikt z Gdańskiem, który trwał w latach 1576–1577, a jego początków można upatrywać już w ograniczeniu autonomii państwa przez Zygmunta Augusta. Po wyborze Stefana Batorego na władcę Polski, gdańszczanie nie zaakceptowali tego wyboru. Dlatego monarcha postanowił narzucić na mieszkańców miasta restrykcje. W ramach konfliktu doszło do bitwy pod Lubiszewem w 1577 r., którą wygrały wojska Rzeczpospolitej. Następnie rozpoczęto negocjacje, które doprowadziły do porozumienia pomiędzy stronami – Gdańsk uznał panowanie Batorego w zamian za zniesienie tzw. statutów Karnkowskiego i zobowiązał się do wypłacania kontrybucji.
Ponadto polski władca rozwijał armię oraz chciał zyskać przychylność szlachty na wprowadzenie podatków na wojnę.
Powołał w 1578 r. formację wojskową złożoną z chłopów – piechotę wybraniecką. Wybrańcy byli zwolnieni z odrabiania pańszczyzny. Te oddziały wojskowe, choć uznawane za mało skuteczne w walce, przetrwały do pierwszej połowy XVIII w.
