Wybór Batorego nastręczył wielu konfliktów. Prymas pod koniec 1575 roku na podstawie głosów senatu – ogłosił królemcesarzaMaksymiliana II. Narzucane prawa oraz podatki na wojsko przez Stefana Batorego wywołały liczne konflikty. Spór na linii król-magnateria toczył się długo i wiązał królowi ręce.
Ponadto Gdańsk chciał uzyskać dużą niezależność od władz Rzeczypospolitej, dlatego Stefan Batory na początku swojego panowania, w latach 1576–1577 musiał mierzyć się z konfliktem z mieszkańcami miasta. Władze Gdańska chciały cofnięcia postanowień Zygmunta Augusta i zwiększenia zakresu autonomii – liczyli na to ze strony Maksymiliana II, dlatego poparli go w czasie elekcji. Batory z kolei nie chciał się podporządkować woli mieszkańców miasta.
W 1575 roku doszło do podwójnej elekcji,a w efekcie – dwukrólewia. Senat pod wodzą interrexa – Jakuba Uchańskiego wybrał na władcę cesarza Maksymiliana II Habsburga, szlachta zebrana na polu elekcyjnym – Annę Jagiellonkę, której mężem miał zostać Stefan Batory.