Kwestie religijne miały bardzo duże znaczenie na ziemiach pod panowaniem Habsburgów. W Cesarstwie po pokoju augsburskim (1555 r.) zaczęła panować zasada „kogo władza, tego religia” (książęta niemieccy decydowali o wyznaniu panującym na terenie, na którym sprawowali władzę.
Habsburgowie siłą chcieli narzucić wyznawany przez siebie katolicyzm. Wiele ziem pozostających pod ich zwierzchnictwem nie była katolicka a protestancka jak np. Czechy – gdzie wyznawców protestantyzmu było znacznie więcej niż katolików. Unormowanie stosunków między protestantami a katolikami było ważne dla utrzymania wewnętrznego pokoju.
Habsburgowie byli katolikami i jako tacy chcieli propagować katolicyzm na ziemiach, które były w ich posiadaniu. Nie każdemu się to podobało i powodowało liczne konflikty.