Widłakowe są niewielkich rozmiarów. Charakteryzują się widlastym rozgałęzieniem pędu i korzenia. Posiadają płożące się po podłożu łodygi, z których wyrastają trofofile i sporofile, skupiające się w kłosy zarodnionośne. Ich gametofit utrzymuje się długo, jednak jest małych rozmiarów.
Wśród paprociowych wyróżnia się paprocie i skrzypy. Te pierwsze są najbardziej zaawansowane pod względem budowy w grupie roślin zarodnikowych. Ich liście osadzone są na ogonkach i mają duże pojedyncze lub pierzasto podzielone blaszki liści. Można u nich, w zależności od gatunku wyróżniać liście asymilacyjne i zarodnionośne. Łodygę paproci pokrywa skórka posiadająca aparaty szparkowe. Występuje u nich wiązka przewodząca, która otoczona jest tkanką miękiszową. Wiązki przewodzące obecne są w łodydze i korzeniach.
Skrzypy mają wielkość do 1 metra wysokości. Ich sporofit ma członowaną strukturę łodyg i kłączy. Łodyga dzieli się na krótkie węzły i długie międzywęźla. Z węzłów łodygi podziemnej wyrastają korzenie przybyszowe, a okółki liści z węzłów łodygi nadziemnej. Pędy nadziemne dzieli się na zarodnionośne i płonne. Ten pierwszy jest prosty, nierozgałęziony i brunatnego koloru. Na jego szczycie można zauważyć kłos zarodnionośny, z liśćmi, po których spodniej stronie znajdują się zarodnie. Pęd płonny jest zielony i ma możliwość do asymilacji.
