Po przywróceniu warunków tlenowych w mięśniach kwas mlekowy ulega dalszemu przekształceniu i usuwaniu z organizmu. Głównym mechanizmem usuwania kwasu mlekowego jest jego transport do wątroby, gdzie może być przekształcany z powrotem w glukozę w procesie zwanym glukoneogenezą. Następnie glukoza może być wykorzystywana jako źródło energii lub magazynowana w formie glikogenu. Innym mechanizmem usuwania kwasu mlekowego jest jego rozkład do dwutlenku węgla i wody.
Gdy mięśnie pracują intensywnie, wzrasta ich zapotrzebowanie na tlen. Jeśli dostępność tlenu jest ograniczona, na przykład w przypadku bardzo intensywnego wysiłku lub braku odpowiedniego dopływu tlenu do tkanek, może dojść do deficytu tlenowego. W przypadku deficytu tlenowego w mięśniach organizm wytwarza energię w sposób beztlenowy poprzez proces fermentacji mlekowej. Powstały kwas mlekowy zostaje usunięty, jeśli warunki tlenowe są przywrócone – wtedy albo rozkłada się do wody i dwutlenku węgla, albo zostaje przetransportowany do wątroby i tam metabolizuje się do glukozy (glukoneogeneza).