Wojna ze Szwecją przyniosła wielkie zniszczenia i grabieże dla miast Rzeczypospolitej. Szwedzi często dokonywali rabunków, plądrowali miasta i palili budynki. Handel i gospodarka miejska zostały poważnie osłabione, a ludność cierpiała z powodu utraty mienia i środków do życia. Wojna ze Szwecją spowodowała znaczne ograniczenia w handlu międzynarodowym i międzymiastowym. Flota handlowa została zniszczona lub sparaliżowana, co doprowadziło do upadku wielu przedsiębiorstw handlowych i bankructwa kupców. Miasta, które najbardziej ucierpiały to np. Czersk, który został całkiem obrócony w pył oraz Gdańsk – wskutek jego blokady wybuchła epidemia, która pochłonęła 20 tysięcy ofiar.
W wyniku działań wojennych, wielu mieszkańców miast musiało opuścić swoje domy i szukać schronienia w innych regionach Rzeczypospolitej. Wielu uchodźców uciekało do miast położonych bardziej na wschodzie, gdzie sytuacja była względnie stabilna.