Otoczka śluzowa chroni bakterie przed fagocytozą przez komórki odpornościowe chorego, przez co drobnoustroje mogą przedostać się w głąb organizmu, namnożyć się i uszkodzić jego tkanki.
Dodatkowo otoczka śluzowa może: chronić komórkę bakterii przed wyschnięciem oraz wnikaniem wirusów i toksyn, wspomagać ruchliwość, ułatwiać adhezję do komórek gospodarz lub tworzenie biofilmu bakteryjnego, czyli zbioru drobnoustrojów, które ciężko zwalczyć np. przez dezynfekcję.