W szpitalach bakterie mają styczność z wieloma lekami i środkami odkażającymi, dlatego dochodzi u nich do wykształcenia oporności na nie i powstania bakterii wielolekoopornych. Stąd w szpitalach istnieje wyższe prawdopodobieństwo zakażenia się nimi.
Bakterie mogą zyskać oporność wtórną na dany lek lub środek odkażający poprzez spontaniczne mutacje zachodzące w ich organizmie, a następnie przekazać oporność innym bakteriom w wyniku koniugacji.