Pod Dowództwem Armii Krajowej były: Obszary i Okręgi AK – rozbudowa formacji, szkolenie i pozyskiwanie broni oraz wywiad; Kierownictwo Dywersji – przeprowadzało akcje zbrojne; Wojskowy Sąd Specjalny – rozpatrywał sprawy zdrad i kolaboracji z okupantem, wydawał tylko wyrok śmierci lub uniewinnienie.
Pod Delegatem Rządu na Kraj podlegały: Delegatura Rządu na Kraj – odpowiednik ministerstw w podziemiu, zajmowały się szkolnictwem, pomocą Żydom czy propagandą; Struktury terenowe – podziemna administracja cywilna; Państwowy korpus Bezpieczeństwa – konspiracyjna policja wojskowa.
W żadnym innym okupowanym państwie nie powstała tak dobrze zorganizowana duża działalność podziemna, gdzie organizowano szkolnictwo, administrację cywilną i wymiar sprawiedliwości.