Organizacja Polskiego Państwa Podziemnego skupiała się głównie na Dowództwach Armii Krajowej, odpowiadającej Naczelnemu Wodzowi. Dowództwo to wraz z Delegatem Rządu na Kraj nadzorowały Radę Jedności Narodowej, która odpowiadała za pełnienie funkcji parlamentu w podziemiu, złożona z partii: Stronnictwa Narodowego, Stronnictwa Pracy, Stronnictwa Ludowego i Partii Pracy Socjalistycznej.
Pod Dowództwem Armii Krajowej były: Obszary i Okręgi AK – rozbudowa formacji, szkolenie i pozyskiwanie broni oraz wywiad; Kierownictwo Dywersji – przeprowadzało akcje zbrojne; Wojskowy Sąd Specjalny – rozpatrywał sprawy zdrad i kolaboracji z okupantem, wydawał tylko wyrok śmierci lub uniewinnienie.
Pod Delegatem Rządu na Kraj podlegały: Delegatura Rządu na Kraj – odpowiednik ministerstw w podziemiu, zajmowały się szkolnictwem, pomocą Żydom czy propagandą; Struktury terenowe – podziemna administracja cywilna; Państwowy korpus Bezpieczeństwa – konspiracyjna policja wojskowa; Cywilne Sądy Specjalne.
W żadnym innym okupowanym państwie nie powstała tak dobrze zorganizowana duża działalność podziemna, gdzie organizowano szkolnictwo, administrację cywilną i wymiar sprawiedliwości.
Zazwyczaj ruchy oporu w okupowanych przez Niemców krajach europejskich pozostawały w obszarze walki zbrojnej.