Początkowo, gdy doszło do odwilży w kraju, władza poprawiła stosunki z Kościołem, lecz nie trwało to długo. Gomułka szybko przystąpił do walki z Kościołem, z kolei list, jaki polski Kościół wysłał do biskupów niemieckich, pogorszył wrogość. Apogeum konfliktu okazały się obchody Millenium Chrztu Polski, które były idealnym momentem do rywalizacji z instytucją, gdyż postanowiono na przekór duchownym obchodzić Tysiąclecie Państwa Polskiego.