Pompy protonowe aktywnie transportują protony z komórek korzenia do roztworu glebowego, protony obecne w glebie łączą się z koloidami kompleksu sorpcyjnego, odłączając od nich kationy innych pierwiastków niezbędnych roślinom w danym momencie.
Rośliny zakwaszają glebę, ponieważ ich korzenie uwalniają do podłoża dwutlenek węgla i protony. Dwutlenek węgla tworzy z wodą kwas węglowy, który dysocjuje na jony wodorowęglanowe i protony.
Protony odpowiadają za obniżenie pH gleby, co w rezultacie prowadzi do jej zakwaszenia.