Nie. Gdy użyjemy dwóch takich samych aminokwasów, to ich konfiguracja przestrzenna będzie identyczna, a reakcja kondensacji będzie przebiegała w ten sam sposób, zawsze prowadząc do powstania identycznego dipeptydu.
W przypadku dwóch różnych peptydów istotna jest kolejność zapisu (sekwencja), ponieważ mogą powstać różne produkty.