Ze względu na różnicę w ładunkach elektrycznych protonów i neutronów, protony zostaną odpychane przez protony w złotej folii, co spowoduje odchylenie ich ruchu. Natomiast neutrony, które są obojętne elektrycznie, nie będą oddziaływać z ładunkami w złotej folii i przejdą przez nią bez odchyleń.
Różnica w zachowaniu protonów i neutronów w doświadczeniu Rutherforda wynika z ich różnic w ładunkach elektrycznych. Protony są naładowane dodatnio, co oznacza, że są nośnikami ładunku elektrycznego, podczas gdy neutrony są obojętne elektrycznie, co oznacza, że nie posiadają ładunku.
W przypadku protonów, które posiadają ładunek dodatni, kiedy zbliżają się do złotej folii w doświadczeniu, zostają odpychane przez inne protony znajdujące się w folii. To odpychanie prowadzi do odchylenia kierunku ruchu protonów i może nawet do ich odbicia. Dlatego obserwuje się odbicia niektórych cząstek protonów od folii.
Natomiast neutrony, które nie posiadają ładunku elektrycznego, nie oddziałują elektrostatycznie z ładunkami w złotej folii. Ponieważ nie zostają odpychane ani przyciągane przez ładunki elektryczne w folii, przechodzą przez nią bez większych zmian kierunku ruchu.
W rezultacie różnica w zachowaniu protonów i neutronów wynika z różnicy w interakcjach elektrostatycznych spowodowanych obecnością ładunków elektrycznych, co jest kluczowym czynnikiem w doświadczeniu Rutherforda.