Dalekosiężnym efektem sformalizowania prawa kanonicznego było pojawienie się koncepcji radykalnej reformy Kościoła, co doprowadziło w XVI w. do reformacji.
Usystematyzowanie prawa kanonicznego zwiększyło stopień klerykalizacji Kościoła, który funkcjonował w ten sposób przez wiele stuleci. Dopiero obecnie, wobec spadającej liczby księży zwiększa się udział ludności świeckiej w funkcjonowaniu Kościoła.