Inkwizycja w Hiszpanii powstała jeszcze przed reformacją ze względu na narastające w kraju napięcia pomiędzy tzw. starymi chrześcijanami (miejscowymi Kastylijczykami i Katalończykami) a chrześcijanami pochodzenia żydowskiego (nazywano ich marranami), którzy przybywali do kraju. Tych drugich oskarżano o potajemne wyznawanie judaizmu – część z nich przyjęła chrzest ze względu na organizowane pogromy, a pozostałych podejrzewano o interesowność i chęć przeniknięcia do elit politycznych. Zaniepokojeni tym zjawiskiem władcy – Ferdynand Aragoński i Izabela Kastylijska – za zgodą papieża w 1480 r. powołali do życia organ kontrolujący, na którego czele stanął spowiednik królowej Tomás de Torquemada.
