Reformacja doprowadziła do wojen religijnych zwolenników katolicyzmu z protestantami czy zamieszek o charakterze wyznaniowym. Coraz częstsze stały się prześladowania religijne oraz podziały w wielu krajach.
W Anglii i Holandii zakazano kultu katolickiego, niszczono świątynie. Powstało również wiele odłamów chrześcijaństwa, takich jak luteranizm czy kalwinizm. Reformacja miała również pozytywne skutki, np. przeprowadzanie mszy w językach narodowych przyczyniło się do rozwoju kultury narodowej. A wyznawane przez protestantów: pracowitość czy oszczędność były jednym z czynników, który wpłynął na kształtowanie się gospodarki o charakterze kapitalistycznym.