Związek PDMS ma strukturę regularną (symetryczną), w której dominują grupy -CH3 i wiązania niepolarne, dlatego ma właściwości (hydrofilowe/hydrofobowe).
Właściwości hydrofobowe pentameru poli(dimetylosiloksanu) wynikają przede wszystkim z obecności wiąza niepolarnych pomiędzy grupami metylowymi.