Penicylina G to inaczej benzylopenicylina, a penicylina V to fenoksymetylopenicylina. Różnica między nimi to struktura bocznego łańcucha. Penicylina V zawiera łańcuch boczny przyłączony poprzez atom tlenu do pierścienia aromatycznego, w penicylinie G bezpośrednio do atomu węgla.