Pierwszy substrat (od lewej, zawiera grupę metylową -CH3) to cząsteczka alaniny.
Drugi substrat (od lewej) to cząsteczka glicyny.
Wiązanie chemiczne powstałe podczas tej reakcji to wiązanie peptydowe.
Aminokwasy mają zdolność łączenia się ze sobą w odpowiednich warunkach. Wtedy grupa aminowa -NH2 jednego aminokwasu łączy się z grupą karboksylową -COOH drugiego, w wyniku czego wydziela się cząsteczka wody H2O i powstaje wiązanie peptydowe -CO -NH - . Produkt powstały w wyniku połączenia się dwóch aminokwasów to dipeptyd, trzech aminokwasów to tripeptyd itd. Glicyna jest najprostszym aminokwasem, jej wzór półstrukturalny to NH2 - CH2 - COOH. Alanina natomiast jest homologiem glicyny – zamiast jednego z atomów wodoru w grupie – CH2 -, zawiera przyłączoną grupę metylową -CH3.