Na początku XIV w. Autorytet papieża zaczął podupadać. Już wcześniej, wobec rozwoju niezależnych monarchii europejskich, upadła idea uniwersalistycznej władzy papieskiej. W 1303 r. Król Francji Filip Piękny, na krótko uwięził papieża, co uwidoczniło słabość głowy kościoła. Kolejni kardynałowie, którzy byli wybierani na najwyższe kościelne stanowisko, pochodzili z Francji, wobec czego znajdowali się oni pod silnym wpływem Paryża. Za namową francuskich władców, papieże przenieśli się ze swej dotychczasowej siedziby w Rzymie do Awinionu w południowej Francji. Dzięki temu byli oni zależni od lokalnych władców. Okres ten, trwający w latach 1309-1377 określamy jako niewolę awiniońską. Po powrocie papieży do Italii wywiązał się spór pomiędzy nowo wybranym Urbanem VI a francuskimi kardynałami. Uznali oni jego wybór za nieważny i powołali nowego papieża. W ten sposób doszło do Wielkiej schizmy zachodniej. Państwa europejskie podzieliły się na dwa obozy, jeden wspierał papieża z Rzymu, drugi z Awinionu. Choć konflikt udało się ostatecznie zakończyć na soborze w Konstancji (1414-1418) to autorytet władzy papieskiej znacząco podupadł i nie było już szans na odbudowanie go w pełni.
Uniwersalna władza papieża upadła w wyniku rozwoju licznych państw narodowych i kryzysu wewnątrz kościoła. W XIV i XV w. dołączyły do tego kryzysy znane jako niewola awiniońska i schizma zachodnia.