Dipeptydy powstają w wyniku kondensacji dwóch aminokwasów. Produktem ubocznym tej reakcji jest woda. W reakcji jeden aminokwas traci grupę -OH, a drugi aminokwas – atom wodoru z grupy aminowej. W zależności od tego, która grupa bierze udział w tworzeniu wiązania peptydowego – mogą powstawać różne związki. Kolejność aminokwasów determinuje właściwości i funkcje peptydu.