Pośredni udział kwasu solnego w procesie trawienia białek polega na obniżeniu pH w żołądku. Kwas solny aktywuje enzymy trawienne, zwłaszcza pepsynę, która rozpoczyna hydrolizę białek, przekształcając je w peptydy i aminokwasy.
Kwas solny wytwarzany przez komórki błony śluzowej żołądka obniża pH treści żołądkowej do zakresu 1,5-3,5. To kwaśne środowisko umożliwia aktywację pepsyny, która jest enzymem trawiennym białek. Pepsyna hydrolizuje wiązania peptydowe między aminokwasami, przekształcając białka w peptydy i aminokwasy, które są dalej trawione w jelitach. Kwas solny również zabija większość bakterii i wirusów, chroniąc organizm przed infekcjami pokarmowymi.