Populacja różnych mikroorganizmów składająca się na mikrobiom jelita grubego pełni wiele funkcji, m.in.:
1. bierze udział w trawieniu i metabolizmie niektórych składników pokarmowych, które nie są przyswajane przez nasz organizm,
2. odgrywa istotną rolę w utrzymaniu równowagi i funkcjonowaniu układu odpornościowego,
3. pełni istotną funkcję w syntezie niektórych witamin, takich jak witamina K oraz niektóre witaminy z grupy B,
4. ma wpływ na funkcjonowanie mózgu,
5. chroni przed patogenami.
Ø Mikroorganizmy tworzące mikrobiom w jelicie grubym mają zdolność do rozkładu błonnika i innych złożonych węglowodanów, które są nieprzyswajalne przez enzymy człowieka.
Ø Wpływają na aktywność komórek układu odpornościowego i pomagają w regulacji odpowiedzi immunologicznej – wpływa na zdolność organizmu do zwalczania infekcji i zapobiegania nadmiernym reakcjom immunologicznym.
Ø Mikroorganizmy te są odpowiedzialne za produkcję witaminy z grupy B i witaminę K, które są niezbędne w wielu procesach metabolicznych.
Ø Natomiast komunikacja między mikroorganizmami a mózgiem odbywa się za pośrednictwem różnych szlaków, w tym hormonalnych, immunologicznych i nerwowych, wpływając na nastrój, zachowanie i funkcje poznawcze.