Wchłonięte do krwi aminokwasy trafiają do żyły wrotnej, którą wędrują do wątroby. Część aminokwasów jest transportowana z wątroby wraz z krwią do innych narządów ciała, a pozostała część ulega procesowi deaminacji i bierze później udział w cyklu mocznikowym.
Wybór „żyły wrotnej” jest właściwy, ponieważ pochłonięte aminokwasy nie przechodzą bezpośrednio do krążenia ogólnego, ale najpierw trafiają do żyły wrotnej, która łączy się z wątrobą. To umożliwia wątrobie przetworzenie aminokwasów przed ich dalszym rozprowadzeniem w organizmie. Deaminacja to proces, w którym grupa aminowa jest odłączana od aminokwasu. W przypadku aminokwasów, które ulegają deaminacji w wątrobie, grupa aminowa zostaje przekształcona w amoniak, który jest następnie przekształcany w mocznik w procesie cyklu mocznikowego.