Spożywanie węglowodanów nieprzyswajalnych, zwłaszcza w postaci błonnika pokarmowego, pomaga w utrzymaniu zdrowego układu pokarmowego poprzez zapobieganie zaparciom, regulację perystaltyki jelitowej i utrzymanie zdrowej mikroflory jelitowej.
Błonnik pokarmowy w przewodzie pokarmowym stymuluje naturalne skurcze mięśniowe jelit, zwane perystaltyką. To przyspiesza ruch pokarmu przez jelita i utrzymuje prawidłową motorykę jelit. Również błonnik pokarmowy stanowi źródło pożywienia dla pożytecznych bakterii jelitowych. Te bakterie produkują krótkołańcuchowe kwasy tłuszczowe, które odżywiają komórki nabłonka jelitowego i przyczyniają się do utrzymania zdrowej mikroflory jelitowej.