Kościół stanął przed problemem utraty wiernych. Niejednokrotnie całe miasta a w późniejszym okresie i państwa opowiadały się po stronie protestantów i przyjmowały ich doktryny – tak było np. w niderlandzkich miastach. Dochodziło do grabieży mienia kościelnego, które przepadało na rzecz możnowładców.Kościół musiał przywrócić wiarę na wielu ziemiach, które w okresie reformacji poparły protestantów. Kościół katolicki był również zmuszony odpowiedzieć na liczne zarzuty wysuwane przez m.in. Marcina Lutra.
Kościół w dobie działania reformacji miał wiele problemów. Co więcej, tych problemów nie dało się zamknąć w ramach nieomylnych dogmatów. Wiele ziem odchodziło od Kościoła, a reakcja polegająca na fizycznych atakach, spowodowała, że wiele osób utwierdziło się w poglądach głoszonych przez m.in. Lutra.