Działania kontrreformacji silnie wpłynęły na społeczeństwo oraz kulturę Europy. Wśród wielu ludzi kontrreformacja spowodowała antyklerykalizm, czyli niechęć lub wrogość do duchownych.
Brutalne metody stosowane przez inkwizycję powodowały strach, obawy oraz potęgowały wrogość do Kościoła. Jeszcze silniejsza misja Kościoła w wielu krajach tworzyła katolickie enklawy m.in. we Francji i skutkowały tworzeniem wewnętrznych podziałów.
Działalność kontrreformacja, a w szczególności funkcjonowanie inkwizycji, była znacząca w dziejach Europy. Było to ważne głównie dlatego, że mimo podjęcia dalece idących represji, jakie stosował Kościół, nigdy nie udało mu się odzyskać dawnej potęgi.