Reformacja silnie nadszarpnęła pozycję Kościoła katolickiego. Wielu ludzi przestało postrzegać Kościół katolicki jako nieomylny autorytet we wszelkich sprawach życiowych, religijnych oraz politycznych.
Ruch reformacyjny przyczynił się do rozwoju myśli o wolnym wyborze religijnym. Zapoczątkowało to dialog i chęć stworzenia systemu prawnego, który miał dawać swobodę w wyborze wyznania, co przekładało się na zwiększenie otwartości i tolerancji w społeczeństwie.
Protestantyzm zburzył dotychczasową pozycję Kościoła katolickiego –jej fundamenty jako niepodważalnej instytucji, której nie należy krytykować.