Pierwsze uniwersytety w Europie zaczęły powstawać XIII w. Nauczano ich w obrębie czterech fakultetów: teologii (która była najwyższym etapem kształcenia), sztuk wyzwolonych (które traktowano jako wstęp do nauk wyższych), medycyny oraz prawa (kanonicznego i rzymskiego). W sposobach funkcjonowania średniowiecznych uniwersytetów możemy wyróżnić dwa główne modele. Model boloński, który był zorganizowany na zasadzie korporacyjnej i model paryski podporządkowany władzy. Na uniwersytecie w Bolonii, studenci dzielili się na nacje. Sami zatrudniali i opłacali swoich wykładowców oraz wybierali spośród siebie rektora. Najważniejszym fakultetem na uniwersytecie bolońskim było prawo.
Uniwersytet paryski był natomiast podporządkowany władzy lokalnego biskupa, który miał olbrzymi wpływ na wykładane w jego murach treści. Studentami i wykładowcami byli przede wszystkim duchowni, a najważniejszym fakultetem była teologia.
Z biegiem czasu zmieniała się zarówno Europejska cywilizacja, jak i systemy sprawowania władzy. Efektem tych zmian było zapotrzebowanie na ludzi wykształconych wszechstronnie, jak i w konkretnych dziedzinach. Doprowadziło to do powstania wielu nowych uniwersytetów, również w Europie Środkowo-Wschodniej.
Uniwersytety pozwoliły wykształcić większą liczbę ludności niż tylko duchowni. Pozwoliło to na szybki rozwój intelektualny kontynentu i poszczególnych krajów.