Pierwszym etapem rozwoju Kościoła w okresie pełnego średniowiecza było uzyskanie przez niego autonomii od władzy świeckiej, podporządkowanie się bezpośrednio papieżowi i przeciwdziałanie zeświecczeniu duchownych. Ruchy reformatorskie przybrały na sile w drugiej połowie XI w. Kiedy kościół wschodni odłączył się od kościoła katolickiego. Ich efektem było powołanie kolegium kardynalskiego, które mogło wybierać nowego papieża niezależnie od władzy sowieckiej, potępienie symonii i nieprzestrzegania celibatu przez duchownych oraz zakaz przyjmowania przez duchownych inwestytury z rąk świeckich. Doprowadziło to do sprzeciwu cesarza Henryka IV, dla którego oznaczało to utratę stronników wśród duchowieństwa. Efektem tego był długoletni spór pomiędzy papiestwem a cesarstwem, który zakończył dopiero konkordat wormacki z 1222 r.
Kolejnym etapem umacniania pozycji Kościoła, było wzmocnienie pozycji papiestwa na arenie międzynarodowej. Miały temu służyć krucjaty, które zapoczątkował swoim wystąpieniem na synodzie w Clermont papież Urban II, ponowny spór z cesarstwem o przewodnictwo w świecie chrześcijańskim, który zakończył się klęską obu stron, walka z ruchami heretyckimi, takimi jak Albigensi, w którym to celu utworzono inkwizycję, tworzenie nowych zakonów, mających toczyć walkę z niewiernymi i troszczyć się o zbawienie chrześcijan oraz zaangażowanie w politykę międzynarodową, między innymi popieranie kandydatów na cesarza, lub pełnienie funkcji rozjemcy w sporach między monarchami.
W epoce średniowiecza Kościół zdobył ogromne wpływy w Europie, a przez to mógł w znacznym stopniu oddziaływać na życie ówczesnych Europejczyków.