Wraz z biegiem czasu, scholastyka i poglądy racjonalizujące wiarę zaczęły przeżywać rozkwit. Kiełkowała w ten sposób myśl humanistyczna, która dała początek poglądom typowym dla renesansu. Już wkrótce jednak scholastyka podzieliła się na dwa nurty, by wkrótce potem zacząć powoli zanikać. Wraz ze zmianą sposobu sprawowania rządów, uniwersytety również uległy zmianie. Najczęściej zakładali je władcy i jako takie były silnie związane z dworem. Mimo to zachowano ich autonomię, jednak znacząco zmniejszyła się rola kościoła w zarządzaniu tymi placówkami. Dobrze widać to w trakcie trwania wielkiej schizmy zachodniej, gdzie uniwersytety odgrywały ogromną rolę polityczną.
Dalszy rozwój filozofii i zmiany, jakie nastąpiły w sposobie nauczania w XIV i XV w. były symptomem zbliżania się końca epoki średniowiecza.