Utworzenie świeckiego państwa w Prusach zostało odebrane jako słabość państwa polskiego niezdolnego do aneksji całego terytorium pokonanego państwa krzyżackiego. Przyszłość pokazała, że taki akt słabości zemścił się – najpierw w uniezależnieniu się Prus od Polski, a następnie udziału państwa pruskiego w rozbiorach kraju.
Mimo niefortunnego finału postępowania wobec Prus, błędem historiograficznym byłoby posądzenie decyzji o sekularyzacji o bycie winną rozbiorów Polski.