Niedługo po elekcji doszło do sporu króla Batorego z Gdańskiem. Miasto domagało się zniesienia niekorzystnych dla niego statutów Karnkowskiego – Batory jednak nie ugiął się i zdecydował na konfrontację z miastem. W jej wyniku doszło do zwycięstwa polskich sił pod Lubiszewem, nie zdołano jednak zdobyć miasta. W obliczu niepokojów na wschodzie udało się dojść do kompromisu – statuty zostały zniesione, a Gdańsk ukorzył się przed królem i zapłacił odszkodowanie. Wojna z Moskwą, która wtargnęła do wschodniej Rzeczypospolitej, zakończyła się pozytywnie dla Batorego – prowadził on kampanię na ziemiach rosyjskich i zmusił do podpisania rozejmu cara Iwana IV.
Kampania Batorego doprowadziła do utraty przez Rosję wszystkich zdobyczy – odebrali mu je także Szwedzi.