Znacznie powiększyło to obszar Korony, co powodowało liczne problemy, ale i korzyści. Przejęcie ziem na południu Litwy umożliwiało rozwój państwa, zarówno ekonomiczny, jak i militarny. Sprawiało problemy, ponieważ potrzeba było znacznie więcej sił wojskowych na utrzymanie porządku i do obrony rozległych granic, np. tej z państwem moskiewskim.
Zwołany w Warszawie w listopadzie 1563 sejm koronny, na którym obecnych było 28 delegatów Litwy, zajął się sprawą zawarcia nowej unii polsko-litewskiej. Na sejmie tym 12 lutego 1564 Zygmunt August scedował na Koronę Królestwa Polskiego dziedziczne prawo Jagiellonów do władania Wielkim Księstwem Litewskim.