Dlatego akt konfederacji warszawskiej miał gwarantować wieczysty pokój między poszczególnymi wyznaniami. Dla szlachty, podzielonej wyznaniowo, przyjęcie tego aktu miało ogromne znaczenie
Akt konfederacji warszawskiej był dokumentem, które miało gwarantować tolerancję religijną w kraju. Potwierdzenie jego postanowień przez Henryka Walezego było kluczowe dla ostatecznego wyniku pierwszej wolnej elekcji, ze względu na udział nowego króla w wydarzeniach nocy św. Bartłomieja.