W Kaplicy spoczywał Zygmunt I Stary – dla którego pierwotnie została ta kaplica wybudowana oraz jego syn Zygmunt II August. Nagrobek Zygmunta Starego wykonał Bartolomeo Berecci, a Zygmunta Augusta – Santi Gucci.
Początkowo kaplica miała być miejscem wiecznego spoczynku wyłącznie dla Zygmunta Starego. Budowę rozpoczęto jeszcze za jego panowania i król sam nadzorował jej powstanie. Po śmierci Zygmunta II Augusta postanowiono, że będzie spoczywał wraz z ojcem w Kaplicy Zygmuntowskiej na Wawelu.