Na ziemiach polskich jeszcze przed reformacją istniała mnogość religii – poza katolicyzmem prawosławie, judaizm, islam.
· Pierwszym nurtem reformacji, który dotarł do Rzeczypospolitej, był luteranizm. Rozprzestrzenił się głównie w Prusach Królewskich, które były częścią terytorium Polski. Wpływ luteranizmu był jednak ograniczony, a Kościół katolicki nadal pozostawał dominującą religią w większości kraju. Luteranizm był szczególnie silny w polskim lennie państwa zakonu krzyżackiego, stamtąd rozprzestrzeniał się m.in. na Wielkopolskę – głównie wśród mieszczan oraz ludności pochodzenia niemieckiego. Silnie rozwinął się również w Krakowie, Lwowie czy Wilnie.
· Na polską szlachtę mocno wpłynął kalwinizm, ponieważ poglądy kalwinistów było zbieżne z poglądami wielu szlachciców. W 1555 roku sejm w Piotrkowie wydał Akt Tolerancyjny, który dawał pewne prawa protestantom, w tym kalwinistom. Szlachta uznawała to wyznanie za bardziej „demokratyczne” – gminy kalwińskie były wolne od zwierzchności władzy świeckie, co oznaczało niezależność chętnie podkreślaną przez szlachtę.
· Z kalwinizmu wywodził się Kościół Ewangelicko Reformowany Jana Łaskiego, pisarza Reformacji, który stworzył podstawy jego ustroju synodalno-prezbiterialnego.
· W XVI wieku powstała także wspólnota religijna, „bracia polscy” (arianie). Wyodrębniła się ona z polskiego Kościoła reformowanego i stanowiła najbardziej radykalny odłam reformacji w Polsce. Bracia polscy byli szczególnie aktywni na terytoriach zdominowanych przez kalwinistów, szczególnie wokół Krakowa oraz Lublina, a także na terytorium dzisiejszej Litwy oraz Łotwy. Najważniejszy ośrodek braci polskich funkcjonował w Rakowie, gdzie prowadzili oni drukarnię i Akademię Rakowską.
· Poza tym na terenie Rzeczpospolitej działali również bracia czescy, wywodzący się z husytyzmu, oraz anabaptyści, których rygoryzm był odbierany negatywnie zarówno przez katolików, jak i inne odłamy protestanckie.
Rzeczpospolita była państwem wielokulturowym oraz wielonarodowym. Nie był to efekt działania reformacji a tego, że od czasu Unii z Litwą ziemie tego państwa były zamieszkiwane przez katolików, prawosławnych, muzułmanów. W Rzeczpospolitej odrębność religijna nie była więc niczym dziwnym czy nadzwyczajnym.