Fagocytoza polega na pobieraniu cząstek stałych / substancji drobnocząsteczkowych rozpuszczonych w wodzie. Następnie pokarm jest trawiony z udziałem peroksysomów / lizosomów. Niestrawione resztki usuwane są na drodze egzocytozy / endocytozy.
Gąbki należą głównie do filtratorów. Gdy woda jest wyrzucana z jamy na zewnątrz gąbki, to wici i mikrokosmki kołnierzyka choanocytów kierują stałe cząstki pokarmowe na powierzchnię tych komórek. Dochodzi do fagocytozy i trawienia z udziałem lizosomów. Amebocyty rozkładają pokarm do drobnocząsteczkowych związków organicznych i rozprowadzają je po całym ciele gąbki.