U większości szkarłupni nie występuje układ oddechowy. Nie posiadają one układu wydalniczego.
U niektórych szkarłupni nóżki ambulakralne uczestniczą w wymianie gazowej.
W wydalaniu u szkarłupni uczestniczą amebocyty, które są zlokalizowane w płynie wypełniającym jamę ciała. Wychwytują one i gromadzą zbędne produkty przemiany materii. Kiedy są one pełne, zwierzę wydala je na zewnątrz przez układ wodny.