Nicienie posiadają możliwość tworzenia cyst, a ich zapłodnione jaja potrafią przetrwać w niekorzystnych warunkach środowiska, dzięki temu nicienie występują na dnie mórz, w głębinach oceanicznych, w wodach słodkich, a także glebie. Spotykane są też w gorących źródłach i wysokich górach. Są pasożytami roślin, zwierząt i grzybów.
Nicienie wolnożyjące są ważnym elementem sieci troficznych i ekosystemów. Polują one na mniejsze organizmy, a same stanowią pożywienie dla większych. Gatunki glebowe mają duży wpływ na obieg pierwiastków w przyrodzie, a gatunki pasożytnicze ograniczają liczebność populacji żywicieli.