Nukleotyd zbudowany jest z zasady azotowej, pięciowęglowego cukru oznaczonego na rysunku literą B i reszty fosforanowej oznaczonego na rysunku literą A. Pomiędzy nukleotydami DNA i RNA występują różnice w budujących je cukrach i jednej zasadzie azotowej. Cukier w DNA to deoksyryboza, a w RNA to ryboza. Zasady budujące DNA to: adenina, guanina, cytozyna i tymina. Natomiast zasady budujące RNA to: adenina, guanina, cytozyna i uracyl.
Zasady azotowe to dwupierścieniowe puryny – adenina i guanina lub jednopierścieniowe pirymidyny – cytozyna, tymina i uracyl.