RNA łatwiej ulega hydrolizie i jest bardziej wrażliwy na działanie enzymów niż DNA, ze względu na przyjmowaną przez RNA najczęściej jednoniciową i bezładnie pofałdowaną strukturę.
Pomiędzy nukleotydami DNA i RNA występują różnice w budujących je cukrach i jednej zasadzie azotowej. Cukier w DNA to deoksyryboza, a w RNA to ryboza. Zasady budujące DNA to: adenina, guanina, cytozyna i tymina. Natomiast zasady budujące RNA to: adenina, guanina, cytozyna i uracyl. Zasady azotowe to dwupierścieniowe puryny – adenina i guanina lub jednopierścieniowe pirymidyny – cytozyna, tymina i uracyl.