Uprawa roślin wykorzystywanych pod biopaliwa może ograniczać obszar, który mógłby być przeznaczony pod uprawę roślin, pożywienia dla ludzi, co grozi wzrostem cen żywności. Duże obszary przeznaczone tylko i wyłącznie pod uprawę roślin — przyszłego biopaliwa, grozi ograniczeniem bioróżnorodności, eutrofizacją wód i zakwaszeniem gleby.
Inne rodzaje biopaliw to: skrobia, etanol celulozowy, biowodór, glony i mikroorganizmy.
