Mudżahedini prowadzili walkę partyzancką. Dokonywali ataku, po czym ukrywali się w górach Afganistanu, w których ciężki sprzęt ZSRR stawał się bezużyteczny. Dodatkowo komuniści kontrolowali tylko szlaki zaopatrzeniowe i duże miasta, 80% terenów kraju było pod kontrolą buntowników. Przerywanie szlaków i odcinanie miast od zaopatrzenia również było jedną z taktyk mudżahedinów.
Ponieważ lokalna ludność wspierała buntowników, a terytoria kontrolowane przez ZSRR były rozproszone po całym kraju, mudżahedini mieli naturalną przewagę. Dodatkowo sprzyjała im natura konfliktu: radzieccy żołnierze znajdowali się na obcym terytorium, podczas gdy mudżahedini walczyli, posiadając dogłębną wiedzę na temat terytorium, na którym się znajdowali.