Zasada tolerancji religijnej przestała być przestrzegana, ponieważ szlachta nosiła w sercu uraz na przykład do luteranów za to, że wspierała Szwedów. Nie potrafiła już zaufać wyznawcom innej religii, dlatego sejm kazał wypędzić z kraju różnowierców lub (w przypadku oporów z ich strony) zabić ich. Zakazano także pod groźbą śmierci zmiany wyznania.
W ten sposób państwo polsko-litewskie przestało być jednym z najbardziej tolerancyjnych państw w Europie. Przypomnijmy, że Szwedzi, którzy zaatakowali Rzeczpospolitą (w tym klasztor na Jasnej Górze) w siedemnastym wieku byli w większości luteranami. Polacy po tych wydarzeniach zaczęli utożsamiać wyznawców innych odłamów z negatywnymi wydarzeniami historycznymi i nie potrafili żyć z nimi dłużej w pokoju.