W 1. połowie XVI wieku Jagiellonowie utracili na rzecz Habsburgów Czechy. W 1526 roku po śmierci Ludwika Jagiellończyka, jego następca Ferdynand I Habsburg przejął władzę nad Królestwem Czech. Ferdynand I Habsburg również objął tron węgierski, co oznaczało utratę przez Jagiellonów władzy nad Królestwem Węgier.
źródło: Contentplus.pl sp. z o.o. na podstawie: K. Mikulski, J. Wijaczka, Historia powszechna. Wiek XVI–XVIII, Warszawa 2012, s.244, licencja CC, zmienione.
Po utracie tronu czeskiego przez Jagiellonów na rzecz Habsburgów, dynastia ta kontynuowała swoje rządy w Czechach przez ponad 300 lat. Ich rządy trwały aż do upadku Austro-Węgier w 1918 roku. To sprawia, że dynastia Habsburgów jest jedną z najdłużej panujących rodzin w historii Europy.