W przypadku Rzeczypospolitej w XVI wieku nie można mówić o pełnej tolerancji religijnej, ale istniały pewne elementy, które sprzyjały współistnieniu różnych wyznań. W XVI wieku Kościół katolicki miał silną pozycję, która wynikała z bycia oficjalnym i dominującym wyznaniem państwowym. Z tego względu katolicy cieszyli się pewnymi przywilejami i korzyściami obcymi dla innowierców. Niemniej jednak, istniały pewne formy tolerancji religijnej, zwłaszcza na terenach Litwy oraz północno-zachodniej części Polski, w której wielką popularnością cieszyły się prawosławie, kalwinizm i luteranizm.
Istotnym dokumentem regulującym kwestie religijne w Rzeczypospolitej był Akt Konfederacji Warszawskiej z 1573 roku. Dokument ten gwarantował szlachcie swobodę wyznania i zapewniał bezpieczeństwo, zabraniał prześladowań i represji innowierców. Postanowienia te zaprzysięgał władca w pacta conventa. Szlachta miała prawo wyznawać własną religię, a jej przedstawiciele nie byli zobowiązani do przyjęcia oficjalnej wiary państwowej.
Jednakże, ta tolerancja religijna miała swoje limity. Katolicka hierarchia kościelna i niektórzy magnaci często ograniczali swobody wyznaniowe innych grup, a władze świeckie wprowadzały utrudnienia w praktykowaniu niekatolickich elementów religijnych, dopuszczano się puczów i prześladowań. Ponadto, innowiercy byli często dyskryminowanispołeczniei politycznie. Należy również zauważyć, że tolerancja religijna w Rzeczypospolitej była skoncentrowana wyłącznie na nurtach chrześcijańskich. Inne grupy religijne, takie jak Żydzi czy muzułmanie, były celami bolesnych represji.
Rzeczpospolita Obojga Narodów była jednym z niewielu państw w Europie, w którym w XVI wieku występowało tak duże zróżnicowanie wyznań. Wiele innych krajów ówczesnej Europy było pod silnym wpływem jednego dominującego wyznania, takiego jak katolicyzm w Hiszpanii czy anglikanizm w Anglii. W Rzeczypospolitej zaś szlachta miała większą autonomię, istniała pewna swoboda wyznania. To sprawiało, że Rzeczpospolita była w tamtym okresie niezwykle różnorodnym, otwartym kulturowo oraz wyznaniowo państwem.