Kozacy na terenach Rzeczypospolitej Obojga Narodów byli poddani represjom i nadużyciom ze strony polskiej szlachty, urzędników państwowych i instytucji Kościoła katolickiego. Kozacy, którzy przeważnie wyznawali prawosławie, czuli się zagrożeni i uciskani przez katolickie duchowieństwo. Czuli się dyskryminowani i wykorzystywani, co prowadziło do niezadowolenia i frustracji. Podkreślała to polityka Władysława IV Wazy wobec Kozaków, która była niekonsekwentna i momentami sprzeczna. Z jednej strony obiecywał im pewne przywileje, a z drugiej — ograniczał ich autonomię i narzucał swoje decyzje.
Władze polskie dążyły do ograniczenia autonomii kozackiej. Ograniczenia te dotyczyły zarówno spraw administracyjnych, jak i wojskowych, co budziło sprzeciw i niezadowolenie Kozaków. Ekspansja terytorialna Polski, która włączała w swoje granice tereny zamieszkane przez Kozaków, budziła ich obawy i niechęć związana z możliwością przymusowej polonizacji i nawrócenia na katolicyzm.
Kozacy dążyli do uzyskania większej autonomii w zarządzaniu swoją polityką w ramach funkcjonowania w Rzeczypospolitej Obojga Narodów. Chcieli mieć większy wpływ na wybór hetmana i rządzenie Kozaczyzną. Domagali się wolności wyznania i równych praw religijnych dla prawosławnych, w obliczu ucisku i represji ze strony katolickiego duchowieństwa. Powstanie Kozackie miało również cechy walki o sprawiedliwość społeczną. Powstańcy sprzeciwiali się nadużyciom szlachty i urzędników, domagając się uczciwego traktowania i równości wobec prawa. W ten sposób chcieli także chronić swoje terytorium przed ekspansją polską.
Powstanie Kozackie miało na celu uzyskanie większej autonomii, ochronę praw wyznaniowych, walkę o sprawiedliwość społeczną oraz ochronę granic i terytorium Kozaczyzny. Były to odpowiedzi na bezpośrednie i pośrednie przyczyny ucisku i represji, które doświadczali Kozacy w Rzeczypospolitej Obojga Narodów.