Batory był katolikiem, dlatego wspierał działania jezuitów. Ustanowił nawet wileńskie kolegium drugim uniwersytetem w Rzeczpospolitej. Stał też na straży wolności religijnej i tolerancji – surowo karał tych, którzy ośmielili się dopuszczać napadów na świątynie innych religii niż katolicka; takie czyny nierzadko kończyły się śmiercią winnego.
Batoremu bardzo zależało na tym, by w państwie panował pokój. Uważał, że Kościół może mu być bardzo pomocny w sprawowaniu władzy.